Banca de DEFESA: JOSÉ GUTEMBERGUE DE MENDONÇA

Uma banca de DEFESA de DOUTORADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE: JOSÉ GUTEMBERGUE DE MENDONÇA
DATA: 28/08/2024
HORA: 08:30
LOCAL: https://meet.google.com/ite-rkve-bdv
TÍTULO: SARS-CoV-2 infecção e replicação: Estudo da Flexibilização conformacional por métodos de simulação molecular e química quântica
PALAVRAS-CHAVES: SARS-CoV-1; SARS-CoV-2; Papain-Like protease; Proteína Spike; Conformações; Dinâmica Molecular
PÁGINAS: 120
GRANDE ÁREA: Ciências Exatas e da Terra
ÁREA: Química
SUBÁREA: Físico-Química
ESPECIALIDADE: Química Teórica
RESUMO: O surgimento do novo coronavírus SARS-CoV-2, causador da pandemia da COVID-19, teve um impacto sem precedentes na vida de todos os seres humanos e na economia global, mobilizando as autoridades de saúde pública para conter sua rápida disseminação. Nesse sentido, proteases responsáveis pela replicação e infecção viral, além de linhagens mutantes, têm sido motivo de preocupação dos cientistas, que buscam entender o comportamento conformacional dessas proteases. Estudos mostram que, na Papain-Like Protease (PLpro), o domínio do dedo de zinco é fundamental para a estrutura da proteína e influencia o comportamento conformacional do domínio do tipo ubiquitina. Adicionalmente, mutações no RBD da proteína Spike podem aumentar a resistência a anticorpos neutralizantes e a afinidade com ACE2. Neste trabalho, foram realizadas simulações de dinâmica molecular para entender as conformações da PLpro do SARS-CoV-1 e SARS-CoV-2 com e sem zinco e suas possíveis diferenças conformacionais inter-domínio. Simulações de dinâmica molecular também foram utilizadas para avaliar as diferenças conformacionais da proteína Spike e suas mutantes, classificadas por afinidade com o receptor e resistência aos anticorpos em: (+inf/+ev), (+inf/-ev), (-inf/+ev), e (-inf/-ev). Os resultados sugerem que o cátion Zn(II) tetracoordenado com as cisteínas na estrutura da PLpro estabiliza a região do dedo de zinco, aumentando a mobilidade no domínio do dedo de zinco e diminuindo na alça BL2, sobretudo no SARS-CoV-2. Sugerindo que essa região exerce influência nas conformações de ligação aos substratos pós-traducionais de ubiquitina e ISG15 que fazem parte da resposta imune antiviral. A clusterização das trajetórias de MD nos permitiu extrair as estruturas mais populosas para o espaço conformacional de cada sistema. Os resultados para proteína Spike responsável por infectar o receptor demonstraram que ocorre um aumento na flutuação dos resíduos 360-374 e no motivo de ligação ao receptor (RBM). Também observamos através das simulações de DM que na região do RBM ocorreu um desvio padrão maior para as mutações que apresenta menor interação com o receptor ACE2 e maior resistência aos anticorpos (-inf/+ev), esse fato pode estar relacionado com uma maior abrangência conformacional justamente para tentar “fugir” da resposta imune do hospedeiro. Os resultados obtidos nesse trabalho podem contribuir para elucidar comportamentos e padrões conformacionais em uma proteína responsável pela replicação do vírus (PLpro) e outra responsável pela invasão da célula hospedeira, proteína Spike.
MEMBROS DA BANCA:
Presidente - 1520134 - GERD BRUNO DA ROCHA
Interno - 1724468 - KAREN CACILDA WEBER
Interno - 1673860 - MARCUS TULLIUS SCOTTI
Externo à Instituição - JOSÉ FERNANDO RUGGIERO BACHEGA
Externo à Instituição - ALEX GUTTERRES TARANTO