Banca de DEFESA: RONEY TEIXEIRA DA SILVA

Uma banca de DEFESA de MESTRADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE: RONEY TEIXEIRA DA SILVA
DATA: 19/07/2024
HORA: 14:00
LOCAL: Videoconferência - meet.google.com/zcx-jayx-whu
TÍTULO: UTILIZAÇÃO DE RAÇAS FUNDADORAS PARA BENEFICIAR A ACURÁCIA DE IMPUTAÇÃO EM BOVINOS DE CORTE DE RAÇA COMPOSTA
PALAVRAS-CHAVES: bovinocultura de corte; genômica; melhoramento animal, seleção genômica
PÁGINAS: 40
GRANDE ÁREA: Ciências Agrárias
ÁREA: Zootecnia
RESUMO: A imputação é um método estatístico que consiste na predição de genótipos faltantes em animais genotipados com painel de baixa densidade. Dentre as várias vantagens da técnica, destaca-se a redução de custos de genotipagem, pois é possível imputar genótipos de baixas e médias densidade para altas densidades. O objetivo deste estudo foi avaliar a acurácia de imputação, para todo conjunto de marcadores e para alelos raros, em animais Canchim (CA) e do grupo genético MA com a incorporação de genótipos das raças fundadoras Nelore (NE) e Charolês (CH). Foram utilizados genótipos de 285 animais CA, 114 animais do grupo genético MA, 897 animas CH e 809 animais NE. Todos os animais foram genotipados com painel de alta densidade BovineHD BeadChip (HD), contendo 777.962 marcadores do tipo Single Nucleotide Polymorphism (SNP). Foram considerados apenas os cromossomos autossômicos com posições conhecidas. Foram testados dezessete cenários de imputação (C1 a C17), nos quais os genótipos de alta densidade foram reduzidos para o painel BovineSNP50 BeadChip (50K), com 54.609 SNPs, apenas para a população alvo, em que foram considerados animais CA, MA e CAN (CA + MA). As populações de referência permaneceram com genótipos em HD, alternando-se as raças. A imputação foi realizada utilizando algoritmos implementados no programa FImpute. A acurácia de imputação foi avaliada pela taxa de concordância (TC) e pelo quadrado de correlação alélica (r² alélico), considerando todos os marcadores e os alelos raros, os quais foram determinados pela MAF (minor allele frequency). Ao comparar os marcadores imputados com aqueles verdadeiros presentes no HD original, constatou-se que a acurácia de imputação, medida pelo r² alélico, variou de 0,5937 a 0,9332, e a TC oscilou entre 63,25% e 92,17%. O cenário C11, cuja população de referência considerou animais CH + CA e a população de referência considerou animais MA, apresentou as maiores acurácias de imputação, atribuindose a este resultado uma maior proximidade genética entre animais CH com os animais CA e MA. Os resultados de imputação para alelos raros indicaram que a inclusão das raças fundadoras em conjunto com CA ou MA na formação de um painel de referência multirracial beneficiou as acurácias. Benefícios na acurácia de imputação de animais de raça composta (CA e MA) podem ser obtidos com a adição de genótipos das raças fundadoras (CH e NE) na formação de painéis de referência multirraciais. A inclusão de CH como parte da população de referência, em associação com animais CA, representou maiores ganhos em acurácia ao imputar genótipos de animais MA. Os benefícios da utilização de uma população multirracial para imputação de animais CA e MA foram verificados para a acurácia geral (todos os marcadores) e para alelos raros (MAF), sendo indicado para futuras avaliações genômicas da raça Canchim.
MEMBROS DA BANCA:
Externo à Instituição - FERNANDO SEBASTIAN BALDI REY
Externo à Instituição - JOSINEUDSON AUGUSTO II DE VASCONCELOS SILVA
Presidente - 2349467 - MARCOS ELI BUZANSKAS