Banca de DEFESA: JOSE CICERO ALVES DA SILVA

Uma banca de DEFESA de DOUTORADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE: JOSE CICERO ALVES DA SILVA
DATA: 30/05/2022
HORA: 08:30
LOCAL: https://meet.google.com/btv-tmqf-kcn
TÍTULO: SIMULAÇÃO MOLECULAR DE PROTEÍNAS COM NÓS GEOMÉTRICOS
PALAVRAS-CHAVES: PcN. Dinâmica Molecular. PCA. DCCM. Descritores de Reatividade
PÁGINAS: 99
GRANDE ÁREA: Ciências Exatas e da Terra
ÁREA: Química
SUBÁREA: Físico-Química
ESPECIALIDADE: Química Teórica
RESUMO: O papel dos nós nas proteínas permanece indefinido. Alguns estudos sugerem um impacto na estabilidade, no entanto, a dificuldade em comparar sistemas para avaliar esse efeito tem sido um importante desafio. Neste estudo, produzimos e analisamos trajetórias de dinâmica molecular de duas variantes de ornitina transcarbamilase (OTC), as quais apresentam arranjos estruturais semelhantes, mas apenas em uma é verificada a presença de um nó do tipo 31. Os resultados de RMSD mostraram estruturas equilibradas para as trajetórias produzidas e RMSF mostrou diferenças sutis na flexibilidade. Na região do nó, a proteína com nó (PcN) não apresentou grande flutuação em nenhuma temperatura. Para a proteína sem nó, o resíduo GLY243 mostrou uma alta flutuação na região correspondente ao nó. A fração de contatos nativos (Q) apresentou perfil semelhante em todas as temperaturas, com maior diminuição para436K. A investigação do comportamento conformacional por meio de PCA e DCCM mostrou que a PcN é menos propensa a sofrer alterações em sua conformação para as condições empregadas em comparação com a proteína sem nó. Os dados PCA mostraram que a proteína sem nó apresentou maior dispersão nas conformações, o que sugere que ele tem maior capacidade de transições de conformação em resposta às mudanças térmicas. Os gráficos de DCCM comparando as temperaturas 310K e 436K mostraram que a PcN teve menos mudança nos movimentos de correlação e anticorrelação, indicando maior estabilidade. Os descritores de reatividade locais usados na investigação de características da estrutura eletrônica mostrou diferenças para os resíduos idênticos nas duas proteínas na região do nó. Isso sugere que descritores de reatividade obtidos por cálculos quânticos podem ser usados em investigação do efeito que o nó pode exercer na estrutura eletrônica de PcN.
MEMBROS DA BANCA:
Externo à Instituição - CARLOS HENRIQUE DA SILVEIRA
Presidente - 1520134 - GERD BRUNO DA ROCHA
Interno - 1724468 - KAREN CACILDA WEBER
Interno - 2508141 - OTAVIO LUIS DE SANTANA
Externo à Instituição - SIDNEY RAMOS DE SANTANA