Banca de QUALIFICAÇÃO: DANIEL MIRANDA DE BRITO

Uma banca de QUALIFICAÇÃO de MESTRADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE: DANIEL MIRANDA DE BRITO
DATA: 17/06/2016
HORA: 10:00
LOCAL: Auditório
TÍTULO: Uma nova abordagem para a identificação de ilhas genômicas em bactérias com base no método de agrupamento mean shift
PALAVRAS-CHAVES: lhas genômicas, predição, análise genômica, clusterização, mean shift
PÁGINAS: 49
RESUMO: Ilhas genômicas (IGs) são regiões do genoma de bactérias adquiridas através do fenômeno da transferência horizontal. Frequentemente, essas regiões proporcionam importantes adaptações às bactérias, como resistência a antibióticos e patogenicidade, cujos efeitos podem ser danosos aos humanos. Por essa razão, diversas metodologias foram propostas para a sua predição, porém nenhuma capaz de identificar o repertório completo de ilhas presentes em uma determinada sequência bacteriana. Portanto, torna-se oportuno o desenvolvimento de novos métodos que explorem diferentes aspectos dessas regiões, permitindo a identificação das regiões ainda não conhecidas. Nesse trabalho, propõe-se um novo método para a identificação de IGs, construído com base no método de agrupamento mean shift, como cálculo automático da bandwidth, indispensável para o seu funcionamento. Resultados dos testes com ilhas genômicas sintéticas mostram que o método é capaz de identificar essas regiões com taxas de acerto de até 99%. Testes realizados com genomas de bactérias com IGs conhecidas revelaram o potencial do método para a sua identificação e também de ilhas ainda não descobertas. O estudo detalhado do conteúdo das novas ilhas e apontou a presença de elementos típicos de IGs, confirmando a eficácia do método na predição dessas regiões.
MEMBROS DA BANCA:
Interno - 1167863 - LEONARDO VIDAL BATISTA
Externo à Instituição - SANDRO JOSÉ DE SOUZA
Externo ao Programa - 1553887 - SAVIO TORRES DE FARIAS
Presidente - 1743917 - THAIS GAUDENCIO DO REGO
Externo à Instituição - VINICIUS RAMOS H M COUTINHO