Banca de DEFESA: DANIEL MIRANDA DE BRITO

Uma banca de DEFESA de MESTRADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE: DANIEL MIRANDA DE BRITO
DATA: 24/02/2017
HORA: 08:00
LOCAL: MESTRADO 1
TÍTULO: Uma nova abordagem para a identificação de ilhas genômicas em bactérias com base no método de agrupamento mean shift
PALAVRAS-CHAVES: llhas genômicas, predição, análise genômica, clusterização, mean shift
PÁGINAS: 70
GRANDE ÁREA: Ciências Exatas e da Terra
ÁREA: Ciência da Computação
SUBÁREA: Sistemas de Computação
ESPECIALIDADE: Software Básico
RESUMO: Ilhas genomicas (IGs) sao regioes do genoma de bacterias adquiridas atraves do fenomeno da transferencia horizontal. Frequentemente, essas regioes proporcionam importantes adaptacoes as bacterias, como resistencia a antibioticos e patogenicidade, cujos efeitos podem ser danosos aos humanos. Por essa razao, diversas metodologias foram propostas para a sua predicao, porem nenhuma capaz de identificar o repertorio completo de ilhas presentes em uma determinada sequencia bacteriana. Portanto, torna-se oportuno o desenvolvimento de novos metodos que explorem diferentes aspectos dessas regioes, permitindo a identificacao das regioes ainda nao conhecidas. Nesse trabalho, propoe-se um novo metodo para a identificacao de IGs, construido com base no metodo de agrupamento mean shift, como calculo automatico da bandwidth, indispensavel para o seu funcionamento. Resultados dos testes com ilhas genomicas sinteticas mostram que o metodo e capaz de identificar essas regioes com taxas de acerto maiores que 99%. Testes realizados com genomas de bacterias com IGs conhecidas revelaram o potencial do metodo para a sua identificacao e tambem de ilhas ainda nao descobertas. O estudo detalhado do conteudo das novas ilhas e apontou a presenca de elementos tipicos de IGs, confirmando a eficacia do metodo na predicao dessas regioes.
MEMBROS DA BANCA:
Presidente - 1743917 - THAIS GAUDENCIO DO REGO
Interno - 1167863 - LEONARDO VIDAL BATISTA
Externo ao Programa - 1553887 - SAVIO TORRES DE FARIAS
Externo à Instituição - JOAO PAULO MATOS SANTOS LIMA